A modificação estrutural do solo provocada pela sua compactação é fator limitante ao crescimento e desenvolvimento das plantas. O objetivo desta pesquisa foi avaliar, em um Latossolo Vermelho eutroférrico no município de Jaboticabal, SP, os parâmetros físicos do solo como a estabilidade de agregados, a condutividade hidráulica e o índice "S". O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado com parcelas subdivididas (quatro níveis de compactação e duas profundidades), com quatro repetições e uma área de mata nativa (MN) como testemunha. Os tratamentos de compactação foram: C0= 0; C1= 2; C2= 4; e C3= 6 passadas de um trator de 11 Mg. Verificou-se que a MN apresentou elevada relação aos índices diâmetro médio geométrico (DMG) e diâmetro médio ponderado (DMP), que constaram agregados maiores e mais estáveis em comparação aos demais tratamentos estudados. Foi obtido o valor de "S" de 0,036 e redução nos níveis mais compactados para 0,026, visto que a compactação reduziu o valor de "S", que atingiu o valor limitante (< 0,035), apesar da mineralogia oxídica do solo analisado.

The structure change caused by soil compaction is a limiting factor to growth and development of plants. The objective of this study was to evaluate the physical parameters of an Eutrophic Oxisol in Jaboticabal, SP. Aggregate stability, hydraulic conductivity and "S" index were evaluated in a completely randomized split-plot (four levels of compaction and two depth), with four replications and an area of native forest (NF) as control. The compaction treatments consisted of C0 = 0, C1 = 2, C2= 4 and C3 = 6 tractor passed of 11 Mg. It was observed that NF had high rates compared to GMD (geometric mean diameter) and WMD (weighted mean diameter) with larger and more stable aggregates compared to other treatments. The "S" value of 0,036 and a reduction in the most compacted levels to 0,026 were obtained, since the compaction reduced the value of "S", which reached its limiting value (< 0,035) despite the oxidic mineralogy of the analyzed soil.

Manter uma boa qualidade física do solo é importante para preservar o meio ambiente, além de maximizar a produtividade das plantas. Um solo compactado poderá interferir na densidade, na porosidade e na resistência do solo à penetração, influenciando no crescimento radicular. A presente pesquisa objetivou avaliar a qualidade física de um Latossolo Vermelho eutroférrico, textura argilosa, com a cultivar de soja CAC-1, submetido a quatro níveis de compactação e três níveis de irrigação, utilizando os atributos físicos do solo, assim como a correlação do sistema radicular com a produtividade da cultura. O delineamento experimental foi em blocos ao acaso, com parcelas subdivididas, com quatro repetições. Os níveis de compactação foram: C0 = 0, C2 = 2, C4 = 4 e C6 = 6 passadas, no mesmo local, de um trator de 11 t. Foram coletadas amostras indeformadas de solo nas entrelinhas da cultura da soja, para determinação dos atributos físicos, nas camadas de 0-0,10 e 0,10-0,20 m. A produtividade máxima da soja foi obtida com a resistência do solo à penetração de 0,71 MPa. O sistema radicular correlacionou-se inversamente com a produtividade da soja.

The maintenance of a good soil physical quality is essential to preserve the environment and maximize crop yields. A compacted soil can affect soil density, porosity and penetration resistance, influencing root growth. The purpose of this study was to evaluate the physical quality of an Oxisol, clay texture, with the soybean cultivar CAC-1, at four compaction and three irrigation levels, using the soil physical properties, as well as the relationship of root system with the crop yield. The experiment had a randomized block design, with split plots and four replications. The compaction levels were: C0 = 0, C2 = 2, C4 = 4, C6 = 6 passes of a tractor weighing 11 tons, at the same place. Undisturbed soil was sampled between the soybean rows, to determine the physical properties (layers 0-0.10 and 0.10-0.20 m). Soybean yields were highest at a soil penetration resistance of 0.71 Mpa. Root growth was inhibited by increased soil compaction.

O monitoramento da qualidade do solo pelos atributos físicos é importante para a avaliação e manutenção da sustentabilidade dos sistemas agrícolas. Um atributo indicador da qualidade do solo deve ser sensível às variações do manejo ao qual está sendo submetido. Este estudo teve como objetivo avaliar o parâmetro S como indicador da qualidade física do solo e a agregação de um Latossolo Vermelho distrófico, submetido a sistemas de manejo sem ou com a inclusão de plantas de cobertura em pré-safra durante 11 anos. Os tratamentos foram: sistema convencional (SC) e sistemas conservacionistas compostos por plantas de cobertura, crotalária (SDC), milheto (SDM) e lablabe (SDL). O delineamento experimental foi o de blocos casualizados, com quatro tratamentos e seis repetições; as camadas constituíram-se nas parcelas subdivididas. Os sistemas conservacionistas SDC, SDM e SDL apresentaram maior teor de matéria orgânica em relação ao SC nas camadas de 0 a 0,05 m. Maiores valores de diâmetro médio ponderado e geométrico dos agregados foram observados nos sistemas conservacionistas. O solo apresentou boa qualidade física determinada pelo índice S, com valores todos superiores a 0,035.

The monitoring of soil quality based on physical properties is important for the evaluation and maintenance of the sustainability of agricultural systems. An indicator property of soil quality should be sensitive to management changes. This study aimed to evaluate the S parameter as an indicator of soil physical quality and aggregation of an Oxisol, managed for 11 years in systems with and without the inclusion of off-season cover crops. The treatments consisted of: conventional system (SC) and conservation systems with cover crops (sunn hemp - SDC, millet SDM, and lab-lab SDL). The experimental design was a randomized block design with four treatments and six replications, the split plots consisted of soil layers. The organic matter content in the conservation systems SDC, SDM and SDL was higher than in the conventional system in the 0-0.05m layer. Higher mean values of weighted and geometric diameter of the aggregates were observed in the conservation tillage systems. The S index indicated good physical quality (all values > 0.035).

O uso intensivo do solo modifica a distribuição do tamanho de poros, com reflexos na qualidade física do solo. O intervalo hídrico ótimo (IHO) permite visualizar os efeitos dos sistemas de manejo na melhoria ou na degradação da qualidade física do solo. Objetivou-se, com este estudo, avaliar a qualidade física de um Latossolo Vermelho submetido a culturas de plantas de cobertura em pré-safra ao milho, em sistema de semeadura direta e em sistema convencional, utilizando como atributos a porosidade, a densidade do solo e o IHO. Os tratamentos foram: plantio convencional (PC) e sistema de semeadura direta com as seguintes plantas de cobertura: crotalária (Crotalaria juncea L.) (SC), milheto (Pennisetum americanum (L.) Leeke) (SM) e lab lab (Dolichos lablab L.) (SL). O delineamento experimental foi o de blocos casualizados em parcelas subdivididas, com seis repetições, sendo as parcelas constituídas pelos tratamentos e as subparcelas pelas camadas analisadas. O cultivo do solo em sistema de semeadura direta apresentou maior valor de porosidade total e conteúdo de matéria orgânica na camada de 0-0,05 m em relação ao PC. Este não diferiu do SL e do SC quanto à macroporosidade. O SM apresentou maior microporosidade. O PC e o SC apresentaram menor densidade do solo. Não houve porosidade de aeração < 10 % nos tratamentos avaliados, e o valor do conteúdo de água no solo em que a porosidade de aeração é crítica (θ PA) manteve-se acima do conteúdo de água estimado na capacidade de campo (θ CC), para todas as densidades. A densidade do solo crítica foi de 1,36 e 1,43 Mg m-3 para SM e PC, respectivamente. Os IHOs nos sistemas de semeadura direta foram limitados na parte superior pelo θ CC e, na parte inferior, pelos valores de conteúdo de água em que a resistência do solo à penetração atinge valores críticos (θRP). Verificou-se por meio do IHO que o solo apresentou boa qualidade física.

The intensive use of land alters the distribution of the pore size which imparts consequences on the soil physical quality. The Least Limiting Water Range (LLWR) allows for the visualization of the effects of management systems upon either the improvement or the degradation of the soil physical quality. The objective of this study was to evaluate the physical quality of a Red Latosol (Oxisol) submited to cover crops in the period prior to the maize crop in a no-tillage and conventional tillage system, using porosity, soil bulk density and the LLWR as attributes. The treatments were: conventional tillage (CT) and a no-tillage system with the following cover crops: sunn hemp (Crotalaria juncea L.) (NS), pearl millet (Pennisetum americanum (L.) Leeke) (NP) and lablab (Dolichos lablab L.) (NL). The experimental design was randomized blocks in subdivided plots with six replications, with the plots being constituted by the treatments and the subplots by the layers analyzed. The no-tillage systems showed higher total porosity and soil organic matter at the 0-0.5 m layer for the CT. The CT did not differ from the NL or NS in relation to macroporosity. The NP showed the greater porosity, while CT and NS presented lower soil bulk density. No < 10 % airing porosity was found for the treatments evaluated, and value for water content where soil aeration is critical (θPA) was found above estimated water content at field capacity (θFC) for all densities. Critical soil bulk density was of 1.36 and 1.43 Mg m-3 for NP and CT, respectively. The LLWR in the no-tillage systems was limited in the upper part by the θFC, and in the bottom part, by the water content from which soil resistance to penetration is limiting (θPR). By means of LLWR it was observed that the soil presented good physical quality.

INTRODUÇÃO E OBJETIVOS: São conhecidos mais de 100 tipos de papilomavírus humano (HPV), dos quais 30 têm sido reportados em infecções anogenitais. A infecção tem importância clínica, pois alguns tipos virais estão associados a lesões que podem progredir para o câncer cervical. Sabe-se que os métodos moleculares são muito importantes para o diagnóstico dessa infecção. O objetivo do estudo é comparar a detecção de HPV de alto risco pelo método de captura híbrida 2 (CH2) com a detecção do vírus pela reação em cadeia da polimerase convencional (PCRc) e em tempo real (PCR-TR). METODOLOGIA: Foram analisadas 56 amostras ectocervicais por CH2 e, após, por PCRc e PCR-TR. RESULTADOS: Ambas, PCRc e PCR-TR, apresentaram alta concordância entre si (95,1%), enquanto a comparação entre as PCRs e a CH2 mostrou concordância razoável entre os resultados (PCRc = 90,2% e PCR-TR = 87,8%). DISCUSSÃO E CONCLUSÃO: A CH é aceita para a detecção do HPV, entretanto pode ser menos sensível em comparação com as técnicas de PCR. A PCR-TR tem a vantagem sobre a PCRc em termos de velocidade, sendo também um pouco mais sensível. Devido à alta sensibilidade e à rapidez, os métodos de PCR poderiam ser usados para a triagem de HPV em amostras ectocervicais.

INTRODUCTION AND OBJECTIVE: More than 100 types of human papillomaviruses (HPV) are known, of which 30 have been reported in anogenital infections. The infection has clinical importance, inasmuch as some viral types are associated with lesions that can progress to cervical cancer. Molecular methods are considered an important tool for the diagnosis of this infection. The objective of this study was to compare the detection of high risk HPV using hybrid capture 2 with HPV detection by conventional and real time PCR. METHODOLOGY: 56 ectocervical samples were analyzed by hybrid capture and after that by conventional and real time PCR. RESULTS: Both PCR and RT-PCR showed a high degree of correlation (95.1%), whereas the comparison between PCR and HC2 showed a fair correlation (90.2% and 87.8% for PCR and RT-PCR, respectively). DISCUSSION AND CONCLUSIONS: HC is widely accepted for the detection of HPV, however, it may lack sensitivity in comparison with PCR techniques. RT-PCR has further advantages over the conventional PCR in terms of speed as well as it is slightly more sensitive. Due to their high sensitivity and fast response, PCR methods could be used as a screening method for HPV detection in ectocervical samples.

Reportamos o isolamento de Corynebacterium pseudodiphtheriticum de um caso de infecção cutânea. O paciente apresentou-se ao laboratório clínico com uma úlcera na perna esquerda. A coloração de Gram do material revelou a presença de bacilos Gram-positivos e ausência de outras espécies bacterianas. O organismo foi isolado em cultura pura no ágar sangue de carneiro e foi identificado como C. pseudodiphtheriticum através de um sistema de identificação comercial (API-Coryne, BioMérieux, França). A infecção foi tratada com sucesso através do uso de ciprofloxacina. Este caso reforça a importância do laboratório de microbiologia clínica na identificação de organismos Gram-positivos isolados de cultura pura de amostras de úlceras cutâneas.

We report here a rare case of cutaneous infection due to Corynebacterium pseudodiphtheriticum. The patient presented to the clinical laboratory with a skin ulcer on his left leg. Gram-stained preparation of the purulent secretion revealed the presence of numerous rod-shaped Gram-positive organisms in the absence of any other species. The organism was grown in pure culture on sheep blood agar and was further identified as C. pseudodiphtheriticum using a commercial identification system (API-Coryne, BioMérieux, France). The infection was successfully treated with ciprofloxacin. This case emphasizes the importance of the clinical microbiology laboratory in correctly identifying Gram-positive organisms obtained in pure culture from skin ulcers.

Detection of AmpC beta-lactamase production by enterobacteria has been problematic. Contrary to ESBLs, no specific guidelines are available for detection and confirmation of AmpC production by clinical relevant microorganisms. Moreover, some bacterial species may produce inducible AmpC beta-lactamases that can be easily overlooked by routine susceptibility tests. We reported here a new test based on the strong inducible effect of imipenem on AmpC genes and the consequent antagonism with ceftazidime. This test is very simple and proved to be helpful in detecting AmpC-inducible enzymes among several species of clinical isolates.

Corynebacterium species have often been considered normal skin flora or contaminants; however, in recent years they have been increasingly implicated in serious infections. Moreover, many new species have been discovered and old species renamed, especially after molecular biology techniques were introduced. Corynebacterium mucifaciens is mainly isolated from blood and from other normally-sterile body fluids; it forms slightly yellow, mucoid colonies on blood agar. We report a fatal case of bacteremia due to an atypical strain of C. mucifaciens. This strain had atypical colony morphology; analysis of the 16S rRNA gene was used to define the species.

Anaerobiospirillum succiniciproducens is an anaerobic, Gram-negative, spiral shaped bacteria, which is motile by means of bipolar tuffs of flagella. This organism appears to be a rare cause of bacteremia in humans, and it usually affects patients submitted to immunosuppressive therapy. Anaerobiospirillum succiniciproducens resembles Campylobacter spp. in Gram-stained preparations, however, it is considered resistant to most antimicrobial drugs that are used to treat Campylobacter infections. We observed Gram-negative, spiral shaped bacteria in Gram-stained preparations from blood culture flasks. Growth occurred only under anaerobic incubation, and identification to the species level was achieved by PCR amplification of the 16S rRNA gene, followed by direct sequencing and a GenBank homology search. To the best of our knowledge, this is the first reported Brazilian case of Anaerobiospirillum succiniciproducens bacteremia.

Primers universais, que amplificam regiões conservadas de rDNA 23S, foram utilizados para analisar 306 amostras de cultivo de sangue obtidas de 295 neonatos com um ano ou menos de idade admitidos em unidades hospitalares de tratamento intensivo. O diagnóstico molecular baseado em seqüenciamento dos produtos de PCR foi comparado com os resultados obtidos do cultivo das amostras de sangue. Os resultados foram concordantes para 277 (90.5%) das 306 amostras testadas, incluindo 263 amostras PCR-negativo e cultura-negativa e 29 amostras cultura-positiva e PCR-positivo. Comparado com o método de cultivo, a técnica de PCR combinada com seqüenciamento, apresentou maior especificidade, 88% e 96,3% respectivamente, com valores preditivos positivos e negativos de 74,3 e 98,5% respectivamente. Concluímos que a técnica baseada em PCR utilizando amostras de cultivo de sangue, obtidas de neonatos com suspeita de sepse bacteriana, apresenta boa correlação com os métodos de cultivo convencionais. A metodologia de PCR/seqüenciamento apresenta aplicabilidade como técnica complementar para o diagnóstico da sepse neonatal. Esta metodologia fácil de ser executada fornece resultados confiáveis podendo ser recomendada para utilização no diagnóstico de amostras obtidas durante o tratamento antimicrobiano especialmente quando o resultado do cultivo permanece negativo. Apresenta, também, potencial de utilização na identificação de espécies bacterianas com problemas de classificação pelos métodos convencionais microbiológicos.

A broad-range bacterial PCR target to conserved regions of the 23S rDNA was applied to 306 blood culture samples from 295 infants (up to one year of age) admitted to a neonatal intensive care unit. Classic blood culture results were compared to DNA sequencing analysis of the PCR amplification products. Culture results were in agreement to DNA sequencing in 90.5% (277) of 306 samples tested, including 263 PCR and culture negative samples and 29 culture and PCR positive samples. The sensitivity of the PCR method combined with sequencing was 88%, and the specificity was 96.3%, with positive and negative predictive values of 74.3 e 98.5%, respectively. The PCR-based approach directly applied to blood culture samples, correlated well with blood culture results from neonates with presumptive diagnosis of bacterial sepsis. The PCR/sequencing approach is suggested to be a valuable complementary data for diagnosis of neonatal sepsis. This methodology is relatively easy and reliable giving accurate results that can be applied to samples colleted during antimicrobial treatment or by a hospital clinical procedure, especially when routine cultures are negative. It can also be useful for the identification of rare bacterial species and for those isolates not readily identified by microbiological tests.

O uso de protocolos de controle de qualidade com padrões rígidos devem ser utilizados para garantir o isolamento dos microrganismos. Nosso objetivo foi o de avaliar um procedimento alternativo que nos permitisse detectar falhas de crescimento bacteriano em termos quantitativos, e comparação com o protocolo estabelecido pelo documento M22-A2 do NCCLS. Haemophilus influenzae apresentou diferença significativa de crescimento entre meio de cultivo de fontes distintas. Nos concluímos que, para alguns microrganismos fastidiosos, seja feita uma verificação quantitativa da capacidade de crescimento de cada meio de cultivo.

Stringent quality control protocols must be used in order to guaranty that a particular medium is able to recover all sort of organism that may be present in clinical samples. Our aim was to evaluate an alternative protocol that would allow us to detect medium failure to yield quantitative growth of selected pathogens, and compare with the document M22-A2 from NCCLS. The detection limit of Haemophilus influenzae was significantly different depending on media source. We conclude that for some fastidious microorganisms, quantitative verification of the growth capacity of the culture medium is advised.